Der Gemeindename Lutzenberg taucht erst in den Verzeichnissen der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts auf. Bereits 1655 verstand man unter „Lutzenberg“ den Rest des kurzenbergischen Gemeindegebiets mit denjenigen Kurzenbergern, die nicht die neuen Kirchen in Heiden und Wolfhalden besuchten, sondern, wie bisher, bei der näher gelegenen Mutterkirche Thal SG kirchgenössig verblieben. Zu diesen Gegenden zählt besonders auch Wienacht und Tobel.

Viel früher als der geographische und gemeindliche Sammelname Lutzenberg sind einzelne Höfe und Güter des heutigen Gemeindegebietes erwähnt. So Brenden im 14. Jahrhundert, Tobel und Wienacht (1366), Dorfhalde (1550) und Haufen (1577).

Vor den Freiheitskriegen (1401 - 1429) gehörte der eigentliche Lutzenberg zusammen mit dem Gebiet der späteren Gemeinde Heiden und Wolfhalden politisch zum Hof ‘Thal’ und somit auch zur Vogtei Rheineck. Wienacht und Tobel unterstanden der Herrschaft Wartensee.

Nach den Freiheitskriegen bildete der Lutzenberg, zusammen mit den später ebenfalls selbständig gewordenen Gemeinden Heiden und Wolfhalden, einschliesslich Wienacht und Tobel, eine einzige politische Gemeinde und Hauptmannschaft Kurzenberg. Kirchlich gehörte der Kurzenberg von Anbeginn zur alten Pfarrei Thal. Mit dieser vollzog der Kurzenberg 1529 den Übertritt zur Reformation.

Der Kirchgang von den weit verstreuten Einzelhöfen zur Kirche Thal wurde von den Bauern mit der Zeit zu weit und zu beschwerlich. Die einzelnen Höfe verlangten nach Unabhängigkeit von den Kirchgemeinden. So begannen sie gegen den Willen der Obrigkeit Kirchen zu bauen:

Neue Gotteshäuser entstanden in Walzenhausen (1638), in Heiden und Wolfhalden (1652) und in Rehetobel (1669). Damit lösten sich die Dorfgemeinschaften von ihrer Stammkirche und wurden in unmittelbarer Folge auch politisch selbständig. Die Rhode Kurzenberg teilte sich in Gemeinden, deren Grenzen nach dem Grundbesitz der Kirchenzugehörigkeit gebildet wurden.

Den Bewohnern der Gebiete der heutigen Gemeinde Lutzenberg war der Kirchgang zu den neugebildeten Kirchhörinnen offenbar zu erschwerlich. Sie blieben der Stammkirche Thal zugehörig. Damit musste sich aus diesen Resten gezwungenermassen eine eigene politische Gemeinde bilden (1652).

Bis eine definitive Grenzbereinigung zustande kam, mussten noch verschiedene Händel mit den Nachbargemeinden ausgefochten werden, denn jede Gemeinde wollte die Allmenden für sich alleine beanspruchen.

Am 29. Tag des Herbstmonats von 1771 beschlossen die drei Gemeinden Heiden, Wolfhalden und Lutzenberg, dass das Allmendgebiet „Ob der Letzi“ (Hasli, Hinterlochen, Tobelmüli (Wolfhalden), Zelg, Rossgalgen (Heiden) und Wienacht-Tobel (Lutzenberg) zwischen den Gemeinden aufgeteilt werde. Das Gebiet war ausschliesslich Weidland, vermischt mit grossen Eichenwäldern.

Diese Landstücke wurden ausgelost. Bei dieser Auslosung muss der Gemeinde Lutzenberg (damals Haufen-Brenden) der heutige Gemeindeteil Wienacht-Tobel zugefallen sein, der heute eine Exklave bildet. Dieser Entscheid und sicher auch der Zufall, haben heute noch ihre Auswirkungen. Durch die Zweiteilung sind immer gewisse Doppelspurigkeiten erforderlich, deren Lösung für das Gemeinwesen und die Behörden Probleme mit sich bringen.